在南京不能报销，需要回到农村医疗保险的地方报销。报销流程：

1、患者本人/家属带患者身份证（或户口本）、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到参合地经办机构转诊备案手续，也可以致电办理；

2、携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续，只有要找跨省定点医疗机构就医；

3、患者住院接受治疗；

4、出院后，凭患者本人身份证(或户口本)、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单(有的是发票形式的)、住院费用清单、转诊备案手续到参合地经办机构报销。