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红豆腐的霉菌是属于曲霉属（Aspergillus）中的红曲菌（Monascus），通常是红曲霉（Monascus purpureus）或黄曲霉（Monascus ruber）。红曲菌是一种产生红色素的微生物，通过培养在红豆腐上，可以使其表面变得红色。此外，红曲菌还可以被用来制作红曲米食品、调味料等。但是，红豆腐的制作要求严格卫生，否则霉菌有可能引起食品安全问题。