您好，房地产开发企业支付的主体观测费应该按照以下步骤进行账务处理：

1. 根据主体观测费的金额和支付时间，将其记录在企业的应付账款账户中。

2. 在企业的现金账户中扣除相应的支付金额。

3. 将支付凭证（如银行转账凭证、支票等）与收据或发票等相关文件存档。

4. 在企业的财务报表中，将主体观测费列入“其他费用”或“管理费用”等相关科目，以反映企业的实际经营成本。

需要注意的是，企业在支付主体观测费时，应遵守相关法律法规及规范性文件的规定，确保支付的费用符合合规要求，并避免因违反规定而导致的不必要的风险和损失。