核注清单和报关单是两个不同的文件，用于在进出口贸易中进行海关申报。它们之间存在以下几点区别：

1. 用途不同：核注清单主要用于对出口商品实施监管，记录出口货物的品名、规格、数量等相关信息，并对涉及到的商品进行管理。而报关单则主要用于在进口时向海关申报进口货物有关信息，并缴纳相关税费。

2. 报送时限不同：核注清单一般在货物装船前进行报送，必须在特定时间内完成，如未能按规定报送，将会影响托运人出口资格。而报关单则一般是在货物到达海关前进行申报，并且有很多不同种类的报关单具有不同的时间节点。

3. 内容要求不同：核注清单需要填写比较详细的商品信息，包括商品分类、技术参数、产地国别、计量单位等；而报关单则需要填写的内容较为简略明了，包括货物名称、数量、金额等。

4. 适用范围不同：核注清单只适用于一些特定类型或者涉及特定物品的出口交易；而报关单则是所有进口货物必须提交给海关的文件。

总体来说，核注清单和报关单虽然都属于海关申报文件，但是它们各自都有着明显不同的使用场景和内容要求。