如果修鞋店在修理过程中损坏了你的鞋底，那么他们应该负责赔偿。具体的赔偿方式可能会因店铺政策和当地法律而有所不同，以下是一些可能的赔偿方式：

修理费用赔偿：修鞋店可以承担修理损坏部分的费用，包括更换鞋底或进行其他必要的修复工作。你可以要求他们免费为你修理好鞋子，或者如果他们无法修复，他们应该退还你支付的修理费用。

鞋子价值赔偿：如果修鞋店无法修复鞋子，他们可能会按照鞋子的价值进行赔偿。这通常适用于鞋子比较昂贵或具有特殊意义的情况。修鞋店可能会要求你提供购买鞋子的发票或其他证明文件，以确定鞋子的价值。

协商赔偿：如果修鞋店不同意上述任何一种赔偿方式，你可以与他们进行协商，尝试达成双方都能接受的赔偿方案。你可以提出自己的要求，比如要求修鞋店赔偿你购买新鞋子的费用等。

无论选择哪种赔偿方式，建议在与修鞋店沟通时保持冷静、礼貌，并保留好所有相关证据，如鞋子照片、修理单据等。如果修鞋店拒绝赔偿或你对其赔偿方案不满意，你可以考虑向当地消费者协会或相关部门投诉，以维护自己的权益。