可以采取协商、调解、仲裁、诉讼等方式，处理公司耍赖不退保证金的问题。因保证金退还产生纠纷的,如果合同有约定,按合同约定处理,没有约定的,双方可以协商处理。协商不成可写好起诉状,向公司所在地的法院起诉解决。