大明万历年间。

《显微镜下的大明》主要讲述的是在明朝的万历年间，因为一项不公正的税收政策在徽州府引发了旷日持久的一场混乱，这期间，包括乱民、县官、州府、户部、首辅、皇帝等其他诸多利益集团之间的博弈，而另一方面，江西婺源县一场持续了六十四年的经济争端同时也反映了一个县级官员怎么在重大议题上面平衡好一县之利害的。