破旧寺院的尼姑不见了可能是因为在游戏中的故事情节发展，她可能已经被敌人绑架或者离开了这个地方。也有可能是她在尼姑院内发现了某些重要线索或者秘密，因此选择离开追寻真相。

另外，她也有可能被隐藏在某个地方，需要玩家通过探索和解谜才能找到她。总之，尼姑不见了可能是为了推动故事情节的发展，玩家需要继续探索以找到她的下落。