水位管内部出现水锈，可以通过以下几种方法清除。

首先，可以使用软管或者刷子等工具将水位管内的水完全排空，然后用淡盐酸或者淡醋酸的溶液将管内进行清洗。

清洗完后，将管内的溶液倒掉，再用清水冲洗至干净为止。

另外，也可以使用特制的清洗剂，按照说明进行清洗即可。在清洗水位管时需注意安全，避免使用过于强力的酸碱清洗剂，以免损坏水位管。