南郊车管所可以备案皮卡车后盖，但具体是否可以备案需要根据车辆的具体情况而定。如果后盖是由厂家原装提供并在行驶证上有相应的说明，则可以备案。如果后盖是后来自行安装的，则需要提供相关的技术验收证明和车辆改装备案手续，经过检查合格后方可备案。无论哪种情况，都需要保证后盖的质量和安全性。