首先两个校区的地理位置不同，西安高新一中南校区位于西安市长安区西沣辅道78号，而西安高新一中本部校区位于西安市雁塔区高新路62号。

其次两个校区的对于在校学生的发展方向不同，西安高新一中南校区的学生一般会申请国外大学，学校的一些教学模式和教学内容也是向出国留学的学生开设的。

最后是两个校区对于学生的收费标准不同。