离职时要求员工赔偿三个月效期药是不合法的。根据《劳动合同法》规定，用人单位在劳动合同期限届满前，不得单方面终止劳动合同，若违法终止劳动合同，劳动者可要求继续履行劳动合同或要求用人单位支付赔偿金。

药品过期后不能使用，让员工赔偿三个月效期药，实际上是变相克扣员工工资，是违法行为。若用人单位有类似的不合法要求，劳动者可以通过劳动仲裁、法院起诉等途径维护自己的合法权益。