在打官司期间，税务部门可能会暂停对该门面房的房产税确认和征收。如果你在打官司后获胜，门面房本身的产权仍然归属于单位，那么税务部门应该会根据相关法律法规，确认并征收该门面房的房产税。

但是，如果在官司过程中，产权发生了变化或者单位与租户产生了新的协议，使得产权存在争议或不明确，房产税的确认和征收就可能受到影响。此时，相关当事方需要及时向税务部门报备有关情况，然后根据当地具体的税务规定，履行各项税务义务。

需要提醒的是，有关房产税的具体规定可因地区而异，您可以向当地税务部门查询相关政策和具体操作流程。