区别在于持股人的身份、权利义务行使承担方式、股票转移和理论价值不同。

自然人股东是具有公民身份的个人投资者，直接享有并行使股东权利并承担义务；而法人股东是一个组织，其权利义务的行使承担需通过具体人的行为来完成，方式为派出股东代表，凭授权委托手续代表其完成，后果由组织承担。

此外，自然人股东可以自由转让股票，而法人股东则需要经过一定的程序和手续。理论价值上，法人股的价值相对较高，因为法人股通常代表着一个组织的实力和信誉。