是可以进行补偿的。小产权房是在集体土地上建造的房屋，是没有国家房管局发放的产权证书的，不能自由转让，但是，对于原始房屋所有权人也是需要进行拆迁补偿的，按照拆迁补偿的标准进行补偿。