报销比例取决于具体的医院和医疗项目。根据上海市和南京市的医保政策，参保人员可以在跨省异地就医时直接结算，而不需要回到参保地报销。
根据国家医保局发布的跨省异地就医结算目录，三级医院报销比例为40%，二级医院报销比例为55%，一级医院报销比例为70%。但是，具体的报销比例还受到医疗项目、医保账户和参保人员个人医保账户余额等因素的影响。
在南京的医疗机构住院，参保人员可以享受南京市的基本医疗保险和补充医疗保险等医疗保险待遇，报销比例和药品目录、诊疗项目、医疗服务设施目录等相关医保政策也会影响住院报销比例。