当企业注销库存商品时，如果有余额，可以根据公司的财务政策进行处理。一些可能的选项包括：

1. 转移余额：将余额转移到其他银行账户或项目中，以便在未来使用。

2. 收回余额：向供应商或制造商请求退款。

3. 记录损失：将余额视为损失，并在财务报表中进行记录。

以上选项应该结合财务政策和税务规定进行审查。建议与公司的财务顾问或会计师进行咨询和讨论，以确定最佳解决方案。