个人清关和公司清关的主要区别在于报关主体的不同。个人清关是指以个人名义进行的清关行为，通常是个人在进出口商品时自行向海关申报货物的价值、数量、种类等信息，并缴纳相应的关税和增值税。

而公司清关则是指以公司名义进行的清关行为，通常是由公司内部的报关员或委托专业的报关公司向海关申报货物的相关信息，并缴纳相应的关税和增值税。

相比之下，公司清关更为规范和严谨，需要遵守更多的法律法规和流程，而个人清关则较为灵活和简便，但也需要保证货物的合法性和合规性。