一般情况下，二级造价师可以注册在分公司，但需要注意以下问题：

1.注册前核对公司资质：在注册前，建议先核对分公司的资质，确保分公司有资格承担你所注册的建筑项目。如果分公司不具备资质，可能会导致注册失败，或者违反法规。

2.注册区域要求：不同省份、地区的注册要求可能有所不同，需要在当地有关行政管理部门查询有关规定，严格按照规定注册。

3.审批时限：各省份、地区审批二级造价师注册的时限不同，需要在规定时间内完成审批，否则需要重新提交注册申请。

除了以上问题，还需要考虑分公司工作的稳定性等因素。如果分公司存在经营风险或曾经在建筑工程中出现质量问题，建议仔细考虑后再决定是否注册。此外，在注册过程中，还需要按照相应的流程和程序进行操作，遵循相关规定。