内蒙古自治区的地下水主要来源于几个方面。

首先，内蒙古地处中国北方，其气候以干旱和半干旱为主，因此降水和地表水对地下水的贡献相对较小。然而，在夏季和秋季的雨季，部分雨水会渗透入地表，形成地下水。

其次，内蒙古拥有众多的河流和湖泊，如黄河、辽河、额尔古纳河等。这些河流和湖泊的水位高于地下水位时，会通过渗漏和渗透作用补充地下水。

此外，内蒙古的地下水资源还来自于地下含水层。这些含水层主要由砂、砾石和石灰岩等透水性良好的岩石构成。当雨水或地表水通过这些岩石层时，会被过滤并存储在含水层中，形成地下水。

最后，内蒙古的一些地区还有冰川融水和雪水等高山冰雪融水形成的地下水。这些融水会通过渗透作用进入地下含水层，为内蒙古的地下水提供补充。

总的来说，内蒙古的地下水资源主要来源于雨水、地表水、地下含水层以及高山冰雪融水。这些水源共同构成了内蒙古丰富的地下水资源，为当地的生态和经济发展提供了重要支持。