证据存疑不起诉的处理如下：应该取消强制措施并当即释放当事人，并发给释放声明。

并且将不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。

证据不足决定不起诉的目的就是保护公民、法人和其他组织的合法权益。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第一百七十八条规定，不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。