汽车顶棚包覆不平整主要是由于材质、工艺等方面出现问题，需要找专业的汽车美容师进行处理。

首先需要进行检查，找到不平整的位置，进行修补和调整。如果有明显的鼓包，可以先进行吸附处理，然后利用烘灸枪或烘干器进行加热调整。

如果是由于材质过于薄弱或人为损伤所导致的，需要更换新的车顶内饰。最后进行清洁和打蜡，让车顶更加美观整洁。