北京农村房屋确权流程一般包括三个步骤，即申请、初审和复审。

首先，房屋所有人需要到当地乡镇或区政府的农村土地承包经营所申请确权；

其次，申请人需要提供相关资料，例如承包合同、房产证、居民身份证等，接受初审；

最后，初审合格后，需要进行复审，并颁发证书。需要注意的是，在整个流程中需要支付相关费用，不同地区的费用标准可能存在差异。