结论：农村自建房已经建好后，挖地下室会存在一定困难。

原因：首先，农村自建房大多没有建造时预留挖地下室的空间，因此要想挖地下室需要进行大规模改造。

其次，农村自建房的地基质量相对比较差，挖地下室增加了对地基的负荷，可能导致房屋的结构安全性出现问题。

内容延伸：如果确实需要挖地下室，可考虑寻找专业的挖掘公司进行施工，由于挖掘时要考虑到地基、墙面和屋顶的力平衡，同时避免地下水泛滥可能导致的房屋损坏，且在挖掘后需要加固，因此在此过程中需要耗费比较长时间和较高的成本。

如果成本过高，可考虑采用其他方式实现对土地的利用，比如：自建农业大棚等。