二者的区别主要包括如下两点：

第一、 发质不同：其中毛发矫正的发质一般是自来卷或者枯黄分叉的发质；而蛋白矫正一般的情况下适用于各种发质。

第二、 目的不同：其中毛发矫正目的是治疗和纠正；而蛋白矫正更多则是保养，使头发达到顺滑自然的这种目的。