在单位交了两年保险后，仍然可以选择交农合。这是因为新农合、社保、商业医疗险是可以同时购买的。社保包括养老保险、医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险，而新农合主要是医疗保险，一般为农民投保。如果已经购买了社保，通常就不需要再购买新农合了，因为两者在医疗保障方面有所重叠。但商业医疗保险则是由保险公司推出的，其保障范围可能远远超出社保和新农合，需要投保人根据自身情况自愿选择购买。

不过，需要注意的是，社保和新农合在报销上可能会有所冲突。享受了职工医保待遇就不能再选择农村合作医疗待遇，反之亦然。因此，在同时拥有这两种保障时，需要明确自己的需求和实际情况，以便在需要时能够得到最大的保障。

此外，具体的保险政策可能会因地区和时间的不同而有所变化，建议在购买或续交保险前，先咨询当地的社保或新农合管理部门，了解相关的政策规定和操作流程。