做肠镜检查，医保不一定可以报销。

如果是在门诊进行的肠镜检查，那么只能用医保个人账户进行支付，而不能用医保统筹账户报销，当然，如果医保卡个人账户里面没钱了;那么相关医疗费用也就只能由参保人自己支付了。

如果是因为较重疾病住院，而必须需要进行肠镜检查，那么根据《社会保险法》第二十八条，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，从基本医疗保险基金中支付。所以，肠镜检查可以用医保统筹账户报销。