北京市灵活就业者社保断交后，可通过以下两种途径补交：

一、联系社保经办机构尽快补交，补交时需缴纳违约金；

二、等到社保断交补缴期限到期后，再通过网上办理或到社保经办机构办理补缴手续，需缴纳滞纳金。请尽早补交，以免影响社保权益。