一些游客在天池和博格达峰乱扔垃圾，不仅破坏生态环境，还污染水源地，直接影响了乌鲁木齐、昌吉、吐鲁番三地居民的生存环境。

与同时，大气环境的变化和日益频繁的登山活动，使得博格达峰冰川资源加速消融，生态环境加剧恶化，生物多样性逐渐减少。

为应对气候变暖导致的冰川消融，加强对博格达峰的保护，国家投资巨资在博格达峰冰川设立了监测研究站。

2010年，昌吉州出台《天山天池风景名胜区保护管理条例》。根据《条例》规定，今后进入天山天池风景区进行徒步、登山探险、科考和拍电影等活动，必须先得到新疆天山天池风景区管理委员会批准许可。